KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN Cytochrome Oxidase SubUnit 1 (COX1) Tarsius sp. SEBAGAI UPAYA PENENTUAN ASAL USUL Tarsius sp.

Alnita Baaka, Dr. drh. Rini Widayanti., MP.

2013 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Tarsius merupakan salah satu satwa Indonesia yang jumlah populasinya mulai memprihatinkan. Upaya pelestarian Tarsius sp. dapat dilakukan dengan penangkaran baik secara in-situ maupun ex-situ. Dalam upaya konservasi, identifikasi terhadap spesies Tarsius berdasar pada karakter morfologi dan molekuler sangatlah diperlukan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan keragaman genetik yang dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk mengidentifikasi Tarsius sp. pada gen Cytochrome Oxidase Subunit 1 (COX1). DNA diisolasi dari sampel otot T. bancanus asal Sumatra dan Kalimantan, T. spectrum asal Sulawesi Utara dan T. dianae asal Sulawesi Tengah yang diperoleh dari koleksi Dr.drh. Rini Widayanti, MP yang menggunakan kit QIAamp® DNA Tissue produksi Qiagen. DNA hasil isolasi digunakan sebagai cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode PCR. Primer untuk mengampilifikasi gen COX1 didesain menggunakan program primer3-Online. Amplifikasi gen COX1 dengan metode PCR. Hasil PCR yang telah dimurnikan selanjutnya disekuensing. Urutan nukleotida gen COX1 hasil sekuensing kemudian dijajarkan secara berganda dengan primata lain yang diambil dari GenBank menggunakan perangkat lunak Clustal W. Analisis jarak genetik menggunakan model kimura 2 parameter dan analisis filogeni menggunakan metode Neighbour-Joining dengan 1000 kali pengulangan yang ada pada program MEGA versi 5.05. Hasil penelitian menunjukkan dari 1542 nukleotida dan 1545 nt ditemukan 239 situs nukleotida yang bersifat beragam, sedangkan pada asam amino, dari 514 asam amino dan 515 aa 21 diantaranya bersifat beragam. Jarak genetik berdasarkan nukleotida gen COX1 paling kecil 0%, nilai terbesar 19,1%, dan nilai rata-rata sebesar 10,2%. Filogram berdasarkan hasil urutan nukleotida dan asam amino COX1 dapat membedakan T. bancanus, T.spectrum dan T. dianae, namun tidak dapat membedakan antara T. bancanus asal Kalimantan dan Sumatera. Analisis filogenetik mengelompokkan Tarsius sp. ke subordo Prosimii (Strepsirhini).

Tarsier is one of Indonesian wildlife animal that needs specific attention for their conservation. So far, conservation of Tarsius sp. can be done by either insitu and ex-situ breeding programs. To avoid interspecies hybrid, identification of tarsier species based on morphological and molecular characters is required. The purpose of the study is to obtain genetic diversity of cytochrome oxidase subunit 1 (COX1) gene for genetic markers to identify Tarsius sp. The DNA samples were obtained from muscle tissues of T.bancanus from Sumatra and Kalimantan, T.spectrum from North Sulawesi, and T.dianae from Central Sulawesi, kindly provided by Dr.drh. Rini Widayanti, MP., and were isolated using QIAamp ® DNA Tissue kit Qiagen production. Isolated DNA then were used as template in the PCR amplification process. Primer of COX1 gene were designed using primer3-Online program. COX1 gene then were amplified using PCR and the purified DNA results were sequenced. COX1 gene nucleotide sequence were aligned with other primates taken from GenBank using the Clustal W software. To find out the genetic distance, the data then were analyzed using the kimura 2 parameter models and phylogeny analysis using the Neighbour-Joining method with 1000 repetitions that exist in the program MEGA version 5.05. The results show that 239 nucleotides out of 1542 and 1545 and 21 amino acids out of 514 and 515 are diverse. Genetic distances of COX1 gene of Tarsius is between 0% to 19,1% with average 10,2%. The amino acid and nucleotide of COX1 gene is able to distinguishing T. bancanus, T.spectrum and T. dianae, but unable to distinguishing between T. bancanus from Kalimantan and Sumatra. From the whole analysis, we conclude that phylogenetically Tarsius sp. is belonging to the suborder Prosimii (Strepsirhini).

Kata Kunci : Tarsius sp., gen COX1, asam amino, penanda genetik