Analisis sekuens gen pengkode protein NS3 protease pada isolat klinik virus dengue serotipe 2 asal DKI Jakarta

RIZKI, Raden Ludhang Pradipta, dr. Tri Wibawa, Ph.D

2010 | Tesis | S2 Bioteknologi

Demam Berdarah Dengue telah meluas ke setiap daerah tropis dan subtropis di dunia. Terdapat empat serotipe yang berbeda dari virus dengue (DEN-1, DEN-2, DEN-3, dan DEN-4) dan banyak ditemukan di seluruh dunia. Genom virus dengue terdiri tiga protein struktural dan tujuh protein non-struktural. Salah satu protein non-struktural adalah NS3, yang memainkan peranan penting dalam proses replikasi virus dan saat ini dikembangkan sebagai target terapi antiviral pada kasus demam berdarah. Telah diteliti urutan nukleotida dan asam amino gen NS3 protease DEN-2 strain sebanyak 4 sampel yang berasal dari kasus demam berdarah di Jakarta (2009). Urutan nukleotida langsung diperoleh dari produk amplifikasi reverse transcriptase-PCR dan dibandingkan dengan urutan empat sampel NS3 (protease) DEN-2 strain dari Indonesia, Thailand, Malaysia dan Singapura yang tersedia di Genebank. Alignment NS3 protease dari hasil sekuens asam nukleat dengan parsimony analysis dan melihat kekerabatannya dengan phylogenetic trees. Struktur sekunder dari NS3 protease DEN-2 dibandingkan dengan NS2B/NS3 protease berupa kristalografi (2FOM) yang diperoleh dari Bank Data Protein (PDB). Hasil penelitian ini menunjukkan, homologi gen NS3 protease DEN-2 dengan 4 sampel pembanding 86,1-99,3% untuk nukleotida dan 85-100% untuk asam amino. Perbandingan struktur protein dilakukan secara in silico. Struktur sekunder NS3 protease DEN-2 dibandingkan dengan NS3 protease DEN-2 kristalografi (2FOM) menujukan akurasi yang tinggi yakni 66,9%.

Kata Kunci : DENV,2,NS3Protease,RT,PCR,Sekuensing,Struktur protein