Keragaman Genetik Kapang Amylomyces rouxii dari Ragi Tapai Lokal Berdasarkan Sekuens Gen ITS

FAJRIATIN NIKMAH, Dr. Miftahul Ilmi, S.Si., M.Si.

2023 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Amylomyces rouxii merupakan anggota genus monotipik Amylomyces yang memiliki keragaman intraspesifik tinggi. A. rouxii banyak ditemukan pada starter fementasi, salah satunya yaitu ragi tapai merek NKL (Na Kok Liong). Penelitian sebelumnya menunjukkan hasil adanya perbedaan spesies pada dua ragi dengan merek yang sama (NKL). Hal ini mengindikasikan kemungkinan keragaman genetik A. rouxii meskipun pada merek ragi yang sama. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keragaman genetik dan hubungan kekerabatan strain A. rouxii pada ragi NKL berdasarkan sekuens daerah ITS. Sampel ragi tapai NKL diambil dari Surakarta, Yogyakarta, Muntilan dan Magelang. Sebanyak 10 isolat berhasil diperoleh dari proses isolasi. Identifikasi morfologi dan molekuler menunjukkan hasil yang berbeda. Identifikasi morfologi menunjukkan adanya kesamaan karakter antara isolat NKL ragi tapai dengan Amylomyces rouxii, baik secara makroskopis maupun mikroskopis. Sementara itu, identifikasi molekuler melalui analisis BLAST menunjukkan isolat NKL ragi tapai teridentifikasi sebagai Mucor Indicus F5-02 dan Rhizomucor sp. Rm-33 dengan kemiripan 100% untuk semua isolat, kecuali SR 3. Analisis jarak genetik dan konstruksi pohon filogenetik juga menunjukkan hasil yang serupa. Hubungan kekerabatan seluruh isolat sangat dekat dan merupakan spesies dengan strain yang sama sehingga tidak ditemukan adanya keragaman genetik. Penelitian lebih lanjut disarankan untuk melakukan isolasi dan identifikasi A. rouxii dari ragi tapai menggunaan karakter identifikasi tambahan seperti karakter biokimiawi dan produksi asam organik.

Amylomyces rouxii is a member of the monotypic genus Amylomyces which has high intraspecific diversity. A. rouxii is commonly found in fermented starters, such as NKL (Na Kok Liong) ragi tapai. Previous research have shown the result of species differences in two ragi tapai with the same brand (NKL). This indicates the possibility of genetic diversity of A. rouxii even in the same ragi brand. This study aims to determine the genetic diversity and the relationship between A. rouxii strain in NKL ragi brand based on ITS region sequences. NKL ragi brand samples were taken from several areas. There are Surakarta, Yogyakarta, Muntilan and Magelang. A total of 10 mold isolates were obtained from the isolation process. Morphological and molecular identification showed different results. Morphological identification showed the similarity of characters between NKL ragi tapai isolates and A. rouxii, both macroscopically and microscopically. Meanwhile, molecular identification through BLAST analysis showed NKL ragi tapai isolates identified as Mucor Indicus F5-02 and Rhizomucor sp. Rm-33 with 100% similarity to all isolates, except SR 3. Genetic distance analysis and phylogenetic tree construction also showed similar results. The relationship between all isolates was very close and they were species with the same strain, so there was no genetic diversity found. Further research is suggested to isolate and identify A. rouxii from ragi tapai using additional identification characters such as biochemical characters and organic acid production.

Kata Kunci : Keragaman Genetik, Amylomyces rouxii, NKL, ITS / Genetic Diversity, Amylomyces rouxii, NKL, ITS