Laporkan Masalah

Analisis Bioinformatik Gen Pembungaan DcLFY pada Anggrek Dendrobium capra J.J. Sm.

ARISTIDES ARIAWAN, Prof. Dr. Endang Semiarti, M.S., M.Sc.

2022 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Tanaman anggrek Larat Hijau atau Dendrobium capra J.J. Sm. adalah anggrek endemik di Jawa yang tumbuh menempel pada pohon jati dan merupakan salah satu anggrek yang diminati karena keindahan dan keawetan bunganya. Sayangnya, tanaman ini hanya berbunga setahun sekali pada bulan Februari, menyebabkan kelangkaan. Oleh karena itu gen pembungaan pada tanaman ini perlu diteliti. Salah satu gen kunci pembungaan adalah LEAFY yang menunjukkan fungsi perubahan fase vegetatif menjadi fase reproduktif pada semua tanaman tingkat tinggi. Studi sebelumnya mengisolasi cDNA LEAFY pada Dendrobium capra.(DcLFY). Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi genom DcLFY dan menganalisis struktur dan fungsinya dengan pendekatan bioinformatik. Metode penelitian: isolasi genom DNA dari daun D. capra, amplifikasi gDNA dengan Polymerase chain reaction(PCR) menggunakan primer spesifik untuk DcLFY, sekuen fragmen DNA hasil PCR , analisis bioinformatik sekuen fragmen gen DcLFY dengan software analisis DNA dan protein. Hasil menunjukkan bahwa protein DcLFY memiliki Domain SAM LFY pada alfa-4 dan domain FLO LFY yang menunjukkan adanya perbedaan signifikan antara D. capra dibanding tanaman yang lain. Pohon filogeni menunjukkan terdapat kedekatan hubungan kekerabatan antara protein DcLFY dengan beberapa tanaman Dendrobium dan anggrek lainnya. Informasi tentang struktur gen dan protein DcLFY secara signifikan akan mendukung penelitian rekayasa genetika untuk induksi percepatan pembungaan pada anggrek D.capra antara lain melalui transformasi genetik, atau penyuntingan genom.

The "Larat Hijau" or Dendrobium capra J.J. Sm. is an endemic orchid in Java which grows attached to a teak tree and one of the most highly sought after orchid because of its decorative and highly durable flower. Unfortunately, this plant only flowers once a year in February, leading to rarity. Therefore the character of flowering genes in this plant needs to be studied. One key gene regulators in flowering is LEAFY which shows a functional gene that switch the vegetative phase to the reproductive phase in all high level plants. One such study by Lawrie et al. (2018) focus on LEAFY in Dendrobium capra (DcLFY). The objectives of this study were to isolate and characterize DcLFY gene through bioinformatic approach. The methods: isolating genomic DNA from D. capra leaves, gDNA amplification by PCR using DcLFY primers, sequenced the amplified DNA, analyzed bioinformatically with various software for DNA and protein. Results: the DcLFY protein had a SAM LFY domain at alpha-4 and a FLO LFY domain which indicated a significant difference between D capra and other plants. The phylogenetic tree shows a close relationship among the DcLFY protein in some Dendrobium and other orchids. Information on the structure of DcLFY gene will support genetic engineering research to induce flowering acceleration in D. capra orchids.

Kata Kunci : Bioinformatika; Dendrobium capra; DcLFY; LFY; Pembungaan

  1. S1-2022-426437-abstract.pdf  
  2. S1-2022-426437-bibliography.pdf  
  3. S1-2022-426437-tableofcontent.pdf  
  4. S1-2022-426437-title.pdf