TEKNIK PRESERVASI DAN ISOLASI SAMPEL DNA BEGOMOVIRUS DARI DAUN SOLANACEAE DAN CUCURBITACEAE MENGGUNAKAN KERTAS SARING WHATMAN SERTA IDENTIFIKASI PCR

ANANDA RESTU P, Dr. Ir. Sedyo Hartono, M.P.

2022 | Skripsi | S1 PROTEKSI TANAMAN

Begomovirus menyebabkan kerugian ekonomi besar pada tanaman budidaya, terutama pada famili Cucurbitaceae dan Solanaceae. Infeksi Begomovirus dapat diidentifikasi secara valid dengan deteksi molekuler, namun untuk pengujian ini memerlukan sampel dengan kondisi baik. Pengambilan sampel di lapangan sering terkendala jarak dan waktu tempuh yang lama untuk mencapai laboratorium. Hal ini dapat menyebabkan terdegradasinya DNA sampel. Penelitian ini bertujuan untuk menguji kemampuan Kertas Saring Whatman dalam mempertahankan DNA Begomovirus yang didapat dari lapangan, serta untuk mengidentifikasi Begomovirus yang menginfeksi tanaman Solanaceae dan Cucurbitaceae di Daerah Istimewa Yogyakarta. Tanaman yang digunakan adalah terong dan cabai (Solanaceae), serta melon dan mentimun (Cucurbitaceae) yang terinfeksi Begomovirus. Sampel diambil dari lapangan kemudian dilekatkan pada kertas saring dengan cara ditekan sampai menempel. Kemampuan dan lama waktu DNA bertahan pada kertas saring dikonfirmasi dengan pengujian PCR menggunakan Primer Krusty Homer. Hasil yang diperoleh menunjukan bahwa DNA Begomovirus dapat bertahan dalam kertas saring pada suhu kamar selama 1,3,7,15 dan 30 hari dan DNA dapat diekstraksi serta diisolasi dengan metode CTAB maupun komersial kit (Genaid) yang dimodifikasi. DNA hasil ekstraksi dari kertas saring selanjutnya diproses PCR dan sekuens. Analisis hasil sekuens menunjukan bahwa Begomovirus Terong Sleman dan Cabai Kulon Progo memiliki kemiripan tertinggi dengan Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus (TYLCKaV) Capsicum annum Indonesia (KF446675) sebesar 99,07 % dan 99,77 %. Begomovirus Melon Sleman memiliki kemiripan tertinggi dengan Squash leaf curl China virus (SLCCNV) Cucumis melo Indonesia (MZ458430) sebesar 99,93%. Begomovirus Mentimun Sleman memiliki kemiripan tertinggi dengan Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) Luffa acutangula Indonesia (MZ458438) sebesar 99,10%.

Begomovirus causes significant economic losses in cultivated plants, especially in Cucurbitaceae and Solanaceae families. Begomovirus infection can be identified validly by molecular detection, but this test requires samples in good condition. Sampling in the field is often constrained by distance and long travel time to reach the laboratory. This can lead to the degradation of the sample DNA. This study aims to test the ability of Whatman Filter Paper in retaining Begomovirus DNA obtained from the field and to identify Begomovirus that infects Solanaceae and Cucurbitaceae plants in Yogyakarta. The plants used were eggplant and chili (Solanaceae), as well as melon and cucumber (Cucurbitaceae) which were infected with Begomovirus. Samples were taken from the field and then attached to filter paper by pressing until they stick. The ability and length of time for DNA to survive on filter paper were confirmed by PCR testing using Krusty Homer Primer. The results showed that Begomovirus DNA could stay in filter paper at room temperature for 1,3,7,15 and 30 days and DNA could be extracted and isolated by modified CTAB method or modified commercial kit (Genaid). The extracted DNA from filter paper was processed by PCR and sequences. Sequence analysis showed that Begomovirus Eggplant Sleman and Chili Kulon Progo had the highest similarity with Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus (TYLCKaV) Capsicum annum Indonesia (KF446675) by 99.07% and 99.77%. Begomovirus Sleman Melon had the highest similarity with the Chinese Squash leaf curl virus (SLCCNV) Cucumis melo Indonesia (MZ458430) by 99.93%. Begomovirus Sleman Cucumber had the highest similarity with Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) Luffa acutangula Indonesia (MZ458438) by 99.10%.

Kata Kunci : Begomovirus, Kertas Saring, DNA, PCR, Sekuens