Keragaman Genetik Ikan Glodok (Periophthalmus kalolo Lesson, 1831) dari Muara Bogowonto (Kulon Progo, D.I. Yogyakarta) dan Pantai Kondang Bandung (Malang, Jawa Timur) berdasarkan Gen Mitokondria 16S

FITRI NINDA K, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2022 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Indonesia memiliki kawasan perairan yang lebih luas dibandingkan dengan daratan. Pada daerah pesisir yaitu daerah peralihan antara darat dan laut terdapat ekosistem mangrove yang merupakan habitat bagi beragam jenis ikan termasuk ikan glodok yang termasuk spesies Periophthamus kalolo (Lesson, 1831). Ikan glodok atau mudskipper termasuk dalam famili Gobiidae dan subfamili Oxudercinae merupakan ikan amfibi yang dapat hidup di daratan. Salah satu daerah distribusi ikan glodok di Indonesia adalah Pantai Kondang Bandung dan Muara Bogowonto. Namun demikian, penelitian mengenai keragaman genetik ikan glodok (Periophthalmus kalolo Lesson, 1831) berdasarkan gen mitokondria 16S di Muara Bogowonto dan Pantai Kondang Bandung belum pernah dilakukan. Penelitian keragaman genetik perlu dilakukan sebagai upaya konservasi dari ikan glodok di habitatnya. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman genetik ikan glodok di Muara Bogowonto dan Pantai Kondang Bandung berdasarkan gen mitokondria 16S. Penelitian ini dilakukan dengan metode PCR dan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Tahap-tahap penelitian yang akan dilakukan meliputi isolasi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, purifikasi dan sekuensing. Data yang diperoleh selanjutnya dianalisis dengan menggunakan program GeneStudio, DNASTAR, MESQUITE, MEGA, BLAST, DnaSP, dan Network. Hasil jarak genetik intrapopulasi sampel P.kalolo dari Pantai Kondang Bandung (MSK) yang telah diteliti menunjukkan jarak genetik 1,00% antara sampel MSK-07 dengan MSK-05 dan MSK06 sedangkan jarak genetik intrapopulasi P.kalolo dari Muara Bogowonto (MSB) menunjukkan jarak genetik 0,00%. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa tidak ditemukan perbedaan komposisi nukleotida pada dua sampel P.kalolo dari Muara Bogowonto. Sebaliknya dari tiga sampel P.kalolo dari Pantai Kondang Bandung ditemukan perbedaan komposisi nukleotida antar sampel dan terdapat dua haplotipe dengan enam situs polimorfik. Nilai keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida P.kalolo dari Pantai Kondang Bandung berturut-turut adalah 0,667±0,314 dan 0,00663±0,00313. Hasil penelitian tersebut menunjukkan indikasi tidak adanya keragaman genetik intrapopulasi pada P.kalolo di Muara Bogowonto dan adanya indikasi keragaman genetik P.kalolo di Pantai Kondang Bandung. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa sampel P.kalolo dari Muara Bogowonto (MSB-01 dan MSB-07) dan satu sampel P.kalolo dari Pantai Kondang Bandung (MSK-07) berada dalam clade yang sama sedangkan dua sampel P.kalolo dari Pantai Kondang Bandung lainnya (MSK05 dan MSK-06) berada di clade lainnya bersama dengan P.kalolo dari Pantai Pasir Mendit. Analisis haplotype network menunjukkan adanya sharing haplotype antara sampel P.kalolo dari Pantai Kondang Bandung dengan P.kalolo dari Pantai Pasir Mendit, sedangkan P.kalolo dari Muara Bogowonto memiliki haplotipe yang spesifik. Hasil penelitian ini diharapkan dapat diimplementasikan untuk menyusun pustaka gen mitokondria 16S (16S gene library) ikan P.kalolo yang ada di Indonesia.

Indonesia has a wider range of waters compared to the mainland. The coastal area which is a transitional area between mainland and sea, there is mangrove ecosystem that various types of fish including common mudskipper (Periophthalmus kalolo Lesson, 1831) can be found. Mudskipper belongs to the family Gobiidae and the subfamily Oxudercinae and is known as an amphibious fish. The distribution areas of mudskipper in Indonesia are Kondang Bandung Beach and Bogowonto Estuary. However, research on the genetic variation of common mudskipper (Periophthalmus kalolo Lesson, 1831) based on mitochondrial gene 16S in Bogowonto Estuary and Kondang Bandung Beach has never been done. Research on genetic variation needs to be done as a conservation effort of mudskipper fish in their habitat. Therefore, the aim of this study were to identify and analyze the genetic variation of mudskipper fish in Bogowonto Estuary and Kondang Bandung Beach based on 16S mitochondrial gene. This research was conducted by a PCR method and universal primers, 16Sar and 16Sbr. The stages of research were DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis, purification and sequencing. The data obtained was then analyzed using GeneStudio, DNASTAR, MESQUITE, MEGA, BLAST, DnaSP, Network software. The results of the intrapopulation genetic distance of P.kalolo from Kondang Bandung Beach (MSK) samples investigated in this study revealed a genetic distance of 1.00% between the MSK-07 sample and MSK-05 and MSK-06 while the intrapopulation genetic distance of P.kalolo from Bogowonto Estuary (MSB-10 and MSB-07) showed a genetic distance of 0.00%. In addition, the result showed no nucleotide divergences within samples of P.kalolo from Bogowonto Estuary whereas there was nucleotide differences within P.kalolo from Kondang Bandung Beach. The intrapopulation analysis of P.kalolo from Kondang Bandung Beach also detected two haplotypes with six polymorphic sites, and the haplotype diversity and nucleotide diversity were 0.667±0.314 and 0.00663±0.00313 respectively. Phylogenetic analysis revealed that one sample of P.kalolo from Kondang Bandung Beach was in the same clade with P.kalolo from Bogowonto Estuary, and the other two P.kalolo from Kondang Bandung Beach were in the same clade with P.kalolo from Pasir mendit Beach. Haplotype network analysis exhibited that there was sharing haplotype between P.kalolo from Kondang Bandung Beach and P.kalolo from Pasir Mendit Beach while P.kalolo from Bogowonto Estuary has specific haplotype. The result of this study is expected to assembly 16S gene library of P.kalolo in Indonesia.

Kata Kunci : Periophthalmus kalolo, keragaman genetik, gen 16S