Laporkan Masalah

Identifikasi Padina spp. dari Pantai Nguyahan dan Drini Kabupaten Gunungkidul Berdasarkan DNA Barcoding Gen COX-3 mtDNA

MILENIA DEVI KUSUMA, Dr. Ratih Ida Adharini, S.Pi., M.Si.

2022 | Skripsi | S1 MANAJEMEN SUMBERDAYA AKUATIK

Pantai selatan Gunungkidul mempunyai keanekaragaman jenis makroalga yang sangat melimpah. Salah satu makroalga yang dapat ditemukan di pantai selatan Gunungkidul yaitu alga coklat (Phaeophyta) dari genus Padina. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakter morfologi dan molekuler, serta hubungan filogenetik Padina spp. yang ditemukan di Pantai Nguyahan dan Pantai Drini, Gunungkidul, Yogyakarta. Pengambilan sampel dilakukan pada bulan Oktober 2021 di Pantai Nguyahan dan Pantai Drini, Gunungkidul, Yogyakarta sebanyak empat sampel. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu analisis morfologi dan molekuler DNA barcoding berdasarkan gen COX-3 (Cytochrome c oxidase subunit 3). Identifikasi secara molekuler berhasil dilakukan dengan menggunakan primer spesifik COX3-44F dan COX3-739R penyandi gen COX-3 mtDNA pada suhu annealing 48℃. Jenis Padina spp. yang ditemukan di Pantai Nguyahan yaitu Padina tetrastromatica, sedangkan di Pantai Drini yaitu Padina boryana. Berdasarkan analisis filogenetik, P. tetrastromatica dari Pantai Nguyahan berkerabat dekat dengan P. tetrastromatica dari Johor, Malaysia dan P. tetrastromatica dari Launglon, Myanmar dengan jarak genetik 0,01 dan 0,00, sedangkan P. boryana dari Pantai Drini berkerabat dekat dengan P. boryana dari Trang, Thailand, P. boryana dari Thandwe, Myanmar, dan P. minor dari Okinawa, Jepang dengan masing-masing jarak genetik 0,01, 0,00, dan 0,08.

The southern coast of Gunungkidul has a very abundant diversity of macroalgae species. One of the macroalgae that can be found on the southern coast of Gunungkidul is brown algae (Phaeophyta) of the genus Padina. This study aims to identify the morphological and molecular characters, as well as the phylogenetic relationships of Padina spp. found at Nguyahan Beach and Drini Beach, Gunungkidul, Yogyakarta. Sampling was carried out in October 2021 at Nguyahan Beach and Drini Beach, Gunungkidul, Yogyakarta as many as four samples. The method used in this research is morphological and molecular analysis of DNA barcode based on the COX-3 gene (Cytochrome c oxidase subunit 3). Molecular identification was successfully carried out using specific primers COX3-44F and COX3-739R encoding the COX-3 mtDNA gene at annealing temperature of 48℃. Types of Padina spp. found on Nguyahan Beach is Padina tetrastromatica, while on Drini Beach it is Padina boryana. Based on phylogenetic analysis, P. tetrastromatica from Nguyahan Beach was closely related to P. tetrastromatica from Johor, Malaysia and P. tetrastromatica from Launglon, Myanmar with a genetic distances of 0,01 and 0,00, while P. boryana from Drini Beach was closely related to P. boryana from Trang, Thailand, P. boryana from Thandwe, Myanmar, and P. minor from Okinawa, Japan with 0,01 0,00, and 0,08 genetic distances, respectively.

Kata Kunci : COX-3, DNA barcoding, Padina spp., Pantai Drini, Pantai Nguyahan

  1. S1-2022-424395-abstract.pdf  
  2. S1-2022-424395-bibliography.pdf  
  3. S1-2022-424395-tableofcontent.pdf  
  4. S1-2022-424395-title.pdf