Laporkan Masalah

Karakterisasi Molekuler Nematoda Parasit Dominan dan Identifikasi Nematoda yang Berasosiasi pada Tanaman Bawang Putih di Magelang, Jawa Tengah

RINA MAHARANI, Dr. Ir. Siwi Indarti, M.P.; Alan Soffan, S.P., M.Sc., Ph.D.

2022 | Tesis | MAGISTER ILMU HAMA TANAMAN

Nematoda merupakan organisme multiseluler yang paling banyak ditemukan di tanah namun belum banyak diketahui. Nematoda turut berperan dalam ekosistem budidaya bawang putih, baik sebagai parasit tanaman maupun hidup bebas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nematoda yang berada pada tanaman bawang putih dan melakukan identifikasi secara molekuler dengan melakukan karakterisasi sekuens DNA beberapa nematoda parasit tanaman pada tanaman bawang putih yang menyebabkan kerusakan tanaman. Penelitian dilakukan dengan pengambilan sampel bawang putih di Magelang, Jawa Tengah dan melakukan ekstraksi-isolasi nematoda dari tanaman dan tanah rhizosfer bawang putih. Identifikasi dilakukan secara morfologi pada seluruh nematoda yang ditemukan. Identifikasi molekuler dengan teknik PCR menggunakan primer D2A/D3B dilakukan pada nematoda parasit tanaman yang dominan ditemukan. Karakterisasi sekuens dibandingkan untuk dianalisis persamaan dan perbedaan basa nukleotidanya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genus nematoda parasit tanaman yang ditemukan antara lain Aphelenchoides, Helicotylenchus, dan Tylenchus. Adapun nematoda non-parasit tanaman yang ditemukan adalah Aphelenchus, Cephalobidae, Diplogastridae, Dorylaimidae, dan Rhabditidae. Berdasarkan karakter morfologi, morfometri dan molekuler, spesies Aphelenchoides dan Helicotylenchus yang ditemukan dominan pada tanaman dan tanah rhizosfer bawang putih dari Magelang, Jawa Tengah adalah Aphelenchoides varicaudatus, dan Helicotylenchus erythrinae. Aphelenchoides varicaudatus Magelang memiliki persentase kesamaan basa nukleotida sebesar 99,70% dengan Aphelenchoides varicaudatus Tegal (MN587128) dan 99,55% dengan Aphelenchoides varicaudatus Yunnan, China (HQ283353). Helicotylenchus erythrinae Magelang memiliki persentase kesamaan basa nukleotida sebesar 95,53% dengan Helicotylenchus erythrinae Colombia (MT321739). Hasil sekuens untuk kedua spesies tersebut telah dimasukkan ke GenBank dengan nomor aksesi OK055306 (Aphelenchoides varicaudatus) dan OL757653 (Helicotylenchus erythrinae).

Nematodes are the most common multicellular organisms which are found in soil but are not widely known. Nematodes also play a role in the garlic cultivation ecosystem, as plant parasites or free-living nematodes. This study aims to determine the nematodes on garlic plants and carry out molecular identity by characterizing the DNA sequences of several dominant plant parasitic nematodes on garlic plants that cause plant damage. Garlic samples were collected from Magelang, Central Java. Identification of nematodes was carried out morphologically. Molecular identification by PCR technique using primers D2A/D3B was performed for the dominant plant-parasitic nematodes. Sequence characterizations were compared for analysis. The results showed that the genus of plant parasitic nematodes found were Aphelenchoides, Helicotylenchus, and Tylenchus. The non-parasitic nematode plants found were Aphelenchus, Cephalobidae, Diplogastridae, Dorylaimidae, and Rhabditidae. Based on the morphological, morphometric and molecular characters, the Aphelenchoides and Helicotylenchus that found dominant in the garlic rhizosphere and soil from Magelang, Central Java were species of Aphelenchoides varicaudatus, and Helicotylenchus erythrinae. Nucleotides similarity percentage of Aphelenchoides varicaudatus Magelang with Aphelenchoides varicaudatus Tegal (MN587128) is 99,70% and with Aphelenchoides varicaudatus Yunnan, China (HQ283353) is 99,55%. Helicotylenchus erythrinae Magelang has 95,53% nucleotides similarity percentage with Helicotylenchus erythrinae Colombia (MT321739).Sequence results for both species were submitted into GenBank with accession numbers OK055306 (Aphelenchoides varicaudatus) and OL757653 (Helicotylenchus erythrinae).

Kata Kunci : Aphelenchoides varicaudatus, bawang putih, Helicotylenchus erythrinae, identifikasi molekuler, identifikasi morfologi / Aphelenchoides varicaudatus, garlic, Helicotylenchus erythrinae, molecular identification, morphology identification.

  1. S2-2022-437348-abstract.pdf  
  2. S2-2022-437348-bibliography.pdf  
  3. S2-2022-437348-tableofcontent.pdf  
  4. S2-2022-437348-title.pdf