Identifikasi Ulva lactuca dan U. rigida dari Zona Intertidal Pantai Krakal dan Siung Kabupaten Gunungkidul Secara Morfologi dan DNA Barcoding Menggunakan Primer rbcL

HALIJANA AZZAHRA, Dr. Ratih Ida Adharini, S.Pi., M.Si.

2022 | Skripsi | S1 MANAJEMEN SUMBERDAYA AKUATIK

Variasi lingkungan seperti cahaya, arus air, kedalaman air, serta ketersediaan nutrisi dapat menyebabkan variasi warna dan karakteristik morfologi makroalga. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk untuk mengidentifikasi jenis Ulva yang berasal dari zona intertidal Pantai Krakal dan Siung Kabupaten Gunungkidul secara morfologi dan molekuler DNA barcoding menggunakan primer rbcL. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu pengamatan morfologi yang berpedoman pada literatur jurnal publikasi dan analisis molekuler DNA barcoding menggunakan kit komersial Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (Geneaid) serta gen primer rbcL (ribulose-1,5-biphosphate carboxylase large subunit). DNA Ulva berhasil diamplifikasi dengan gen spesifik rbcL RH1F dan rbcL 1385R pada suhu annealing 49°C. Jenis Ulva yang teridentifikasi secara morfologi dari Pantai Krakal dan Pantai Siung yaitu Ulva fasciata, Ulva lactuca, dan Ulva rigida. Jenis Ulva yang teridentifikasi secara molekuler dari Pantai Krakal dan Pantai Siung yaitu Ulva lactuca dengan nilai persentase identitas tertinggi. Berdasarkan hasil analisis jarak genetik dan pohon filogenetik, Ulva lactuca Pantai Krakal dan Pantai Siung berkerabat sangat dekat dengan Ulva fasciata dan Ulva ohnoi dengan jarak genetik 0.00.

Environmental variations such as light, water currents, water depth, and the availability of nutrients can cause variations in color and morphological characteristics of seaweed. This research aims to identify the type of seaweed Ulva from the intertidal zone of Krakal and Siung Beaches, Gunungkidul Regency morphologically and DNA barcoding rbcL gene. The methods used in this research are morphological analysis based on published journal literature and DNA barcoding molecular analysis using a commercial kit Plant Genomic DNA Extraction Mini Kit (Geneaid) and rbcL (ribulose-1,5-biphosphate carboxylase large subunit) gene primer. The DNA of Ulva successfully amplified with specific gene rbcL RH1F and rbcL 1385R at annealing temperature of 49°C. Types of Ulva morphologically identified from Krakal Beach and Siung Beach are Ulva fasciata, Ulva lactuca, and Ulva rigida. Types of Ulva molecularly identified from Krakal Beach and Siung Beach, Ulva lactuca with the highest identity percentage value. Ulva lactuca is very closely related to Ulva fasciata and Ulva ohnoi with a genetic distance of 0.00 on based the results of genetic distance analysis and phylogenetic trees.

Kata Kunci : DNA barcoding, Pantai Krakal, Pantai Siung, rbcL, Ulva.