Pengaruh Komposisi Bakterioma Trichoderma sp. GMN001 Pada Penghambatan Ganoderma boninense Melalui Senyawa Organik Volatil

MADINA ALFI MANAROH, Ir. Jaka Widada, M.P. Ph.D. ; M. Saifur Rohman., S.P., M.Si., M. Eng, Ph.D.

2022 | Tesis | MAGISTER BIOTEKNOLOGI

Interaksi Bakteri-Fungi (IBF) ditemukan pada berbagai habitat, dimana fungi menjadi tempat hidup bagi bakteri, interaksi antara kedua organisme ini akan memberikan dampak bagi fungi sebagai host. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui komposisi bakteri yang berinteraksi dengan jamur Trichoderma sp titik GMN001 dan pengaruhnya terhadap aktivitas biologis-nya. Isolat Trichoderma sp. GMN001 ditumbuhkan pada media tanpa antibiotik dan media dengan antibiotik (chloramphenicol konsentrasi 100 mL-1), kemudian dikembalikan ke medium awal (tanpa adanya antibiotik). Isolat yang dihasilkan dari perlakuan ini yaitu Trichoderma wild type (Tw) dan Trichoderma antibiotik (Ta). Bakteri yang berinteraksi dengan jamur ini dianalisis dengan menggunakan Next Generation Sequencing (NGS) pendekatan gen 16S rRNA Selectable-marker gene, dengan pipeline Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME2) titik Perubahan morfologi untuk melihat struktur internal seluler menggunakan mikroskop SEM. Uji inhibisi pertumbuhan patogen Ganoderma boninense dilakukan dengan metode Sandwiched Petri plates. Profil Senyawa Organik Volatil (SOV) diperoleh dengan menggunakan metode SPME-GC/MS. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa komposisi bakteri pada Tw berbeda dengan Ta. Genus bakteri yang paling dominan pada Tw adalah Massilia sp. dengan nilai Operational Taxonomical Unit garis miring OTU 97,3% sedangkan pada Ta adalah Pseudomonas sp. dengan nilai OTU 29,4%. Perubahan komposisi bakteri ini menyebabkan; penurunan pertumbuhan hifa pada isolat Ta secara signifikan pada hari ke satu (panjang hifa Tw 3,43 plus minus 0,1 cm dan panjang hifa Ta 2,47 plus minus 0,05 cm). Pada hari ke dua (panjang hifa Tw 7,4 plus minus 0,2 cm) dan panjang hifa Ta 6,1 cm. Pada hari ke 3, 4 dan 5 perbedaan panjang hifa yang dihasilkan tidak signifikan titik dua perubahan morfologi berupa penurunan kecepatan sporulasi pada isolat Ta; penurunan kemampuan penghambatan pertumbuhan patogen Ganoderma boninense pada isolat Ta secara signifikan dari hari ke 2 hari ke 7; dan perubahan profil SOV yang dihasilkan antara isolat Tw dan Ta.

Bacteria-Fungal Interaction or BFI is found in various habitats wherein fungi are the habitat for bacteria, the interaction between these two organisms will have an impact on fungi as host. The aim of this study is to examine the composition of bacteria that interact with Trichoderma sp. GMN001 and its effect on its biological activity. Trichoderma sp. GMN001 was grown on Potato Dextrose Agar (PDA) without antibiotic and media with antibiotic (chloramphenicol concentration 100 per mL), then returned to the PDA without antibiotics. The isolates produced from this treatment were Trichoderma wild typ (Tw) and Trichoderma antibiotic (Ta). Bacteria that interact with Trichoderma were analyzed with Next Generation Sequencing or NGS, Selectable marker gene 16S rRNA approach, with Quantitative Insight Into Microbial Ecology or QIIME2 pipeline. Morphological changes to examine the internal cellular structure with SEM microscope. Growth Inhibition Test for Ganoderma boninense pathogen was performed with the Sandwiched Petri plates method. Profiles of Volatile Organic Compounds or VOCs was obtained with the SPME-GCMS method. The results of this study indicate that the composition of bacteria on Tw is different than Ta. The most dominant bacteria Genus on Tw is Massilia sp. (Operational Taxonomical Unit or OTU value 97,3%) while on Ta is Pseudomonas sp. (OTU value 29,4%). Shifted the composition of these bacteria caused; decreased hyphae growth of Ta on day 1 (hyphae length of Tw 3,43 plus minus 0,1 cm and hyphae length on Ta 2,47 plus minus 0,05 cm), on day 2 (hyphae length of Tw 7,4 plus minus 0,2 cm and hyphae length on Ta 6 plus minus 1 cm) on days 3,4 and 5 the difference in hyphae length was not significant; morphological changes in the form of decreased sporulation speed in Ta isolate; Decreased ability to inhibit the growth of the pathogen Ganoderma boninense on Ta isolate significantly from day 2 until day 7; and changes the VOCs profile between Tw and Ta isolate.

Kata Kunci : BFI, Trichoderma GMN001, Ganoderma boninense