KARAKTERISASI MORFOLOGIS DAN MOLEKULER Rhizoctonia solani K���¼hn. PENYEBAB SHEATH BLIGHT PADA PADI (Oryza sativa L.) DI DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA

ADIANA NAYOGYANI, Rina Sri Kasiamdari, S.Si., Ph.D.

2022 | Tesis | MAGISTER BIOLOGI

Indonesia memiliki berbagai varietas padi (Oryza sativa L.), salah satunya di Daerah Istimewa Yogyakarta (D.I.Y). Jamur Rhizoctonia solani K���¼hn. yang menyebabkan sheath blight menginfeksi padi pada bagian pelepah dengan gejala bintik berbentuk bulat atau oval berwarna abu kehijauan dengan pinggir berwana coklat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter morfologis dan molekuler R. solani penyebab sheath blight pada padi di D.I.Y, mengetahui grup jamur R. solani penyebab sheath blight pada padi di D.I.Y, serta hubungan kekerabatan R. solani penyebab sheath blight pada padi di D.I.Y berdasarkan karakter morfologis dan molekuler. Sampel tanaman padi yang diduga terinfeksi R. solani diambil dari berbagai wilayah di Daerah Istimewa Yogyakarta. Berdasarkan karakter morfologis ditemukan 26 isolat yang menginfeksi padi, isolat Menor KP 2 memiliki kesamaan karakter dengan R. solani dengan nilai similaritas 90 %. Berdasarkan uji anastomosis isolat Menor KP 2, Playen GK 1-1, Mentik S 1, dan Patuk GK 2 memiliki tipe anastomosis C0. Berdasarkan karakter molekuler, sekuen Menor KP 2 memiliki kemiripan dengan Rhizoctonia solani AG1-IA pada acc. number KX674518; sekuen Mentik S 1 memilki kemiripan dengan Chaetomium globosum dengan GenBank pada acc. number KJ757122; sekuen Playen GK 1-1 memilki kemiripan dengan Poitrisia circinans dengan GenBank pada acc. number KT277656. Berdasarkan hasil amplifikasi dengan primer spesifik Rhizoctonia solani subgroup AG1-IA isolat Menor KP 2, Mentik S, Rojolele KP, Menor KP1, Mentik S1, Inpari IR Nutri Zinc KP 1, Umbulharjo YK 4-1, Playen 1-1, Patuk GK2, dan Inpari KP 1 teridentifikasi sebagai R. solani subgroup AG1-IA. Hubungan kekerabatan secara morfologis membentuk 3 cluster mengelompokkan Menor KP2 dengan R. solani. Hubungan kekerabatan secara molekuler mengelompokkan Menor KP2 ke dalam kelompok R. solani, Mentik S 1 ke dalam kelompok C. globosum, Playen GK 1-1 ke dalam kelompok P. circinans, terpisah dengan Sarocladium oryzae dan Fusarium spp. yang merupakan penyebab sheath rot pada padi.

Indonesia has various varieties of rice (Oryza sativa L.), one of which is in the Special Region of Yogyakarta (D.I.Y). The fungus Rhizoctonia solani K���¼hn. which causes sheath blight infects rice on the sheath with symptoms of round or oval greenish-gray spots with brown edges. This study aimed to determine the morphological and molecular characters of R. solani the cause of sheath blight in rice in D.I.Y, observe the fungal group R. solani causes of sheath blight in rice in D.I.Y, as well as knowing the kinship of R. solani causes of sheath blight in rice in D.I.Y based on morphological and molecular characters. Samples of rice plants suspected of being infected with R. solani was taken from various regions in the D.I.Y. Based on the morphological characters, there were twenty-six isolates that infect rice, the isolate Menor KP 2 had similar characters with R. solani with a similarity value of 90%. Based on the anastomosis test, isolates Menor KP 2, Playen GK 1-1, Mentik S 1, and Patuk GK 2 had anastomosis type C0. Based on the molecular character, the Menor KP 2 sequence is similar to R.solani AG1-IA on the acc number KX674518; Mentik S 1 sequence had similarities with Chaetomium globosum with GenBank on acc number KJ757122; Playen GK 1-1 sequence had similarities with Poitrisia circinans with GenBank on acc number KT277656. Based on the results of amplification with specific primers R. solani subgroup AG1-IA isolates Menor KP 2, Mentik S, Rojolele KP, Menor KP1, Mentik S1, Nutrition KP 1, Umbulharjo YK 4-1, Playen 1 1, Patuk GK2, and Inpari KP 1 identified as R. solani subgroup AG1-IA. The relationship morphologically formed three clusters grouping Menor KP2 with R. solani. Molecular relationships groups Menor KP2 into the R. solani group, Mentik S 1 into the C. globosum group, Playen GK 1-1 into the P. circinans group, separated from Sarocladium oryzae and Fusarium spp. which is the cause of sheath rot in rice.

Kata Kunci : morfologis, molekuler, padi, sheath blight, Rhizoctonia solani K���¼hn.