Analisis Polimorfisme Gen MC1R pada Variasi Warna Bulu Hibrida (Gallus gallus domesticus Linnaeus, 1758) Hasil Persilangan Ayam Pelung dengan Ayam F3 Golden Kamper

PUTRI SHAFIRA S, Prof. Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc.

2021 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Warna bulu pada ayam (Gallus gallus domesticus Linnaeus, 1758) dipengaruhi oleh berbagai macam gen, salah satunya gen Melanocortin 1 Receptor (MC1R). Variasi genetik dari gen MC1R menyebabkan terjadinya polimorfisme yang mengakibatkan terjadinya variasi warna bulu ayam. Ayam Golden Kamper merupakan hasil selective breeding dari persilangan ayam Pelung dengan ayam Layer yang memiliki bulu berwarna coklat keemasan dan bobot lebih tinggi. Perkawinan secara backcross dilakukan untuk mendapatkan karakter fenotipik dari indukan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari warna bulu ayam hibrida, mempelajari polimorfisme gen MC1R terhadap warna bulu, serta mempelajari pengaruh SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) pada fragmen gen MC1R. Metode yang dilakukan berupa hibridisasi ayam betina Pelung dengan jantan F3 Golden Kamper, koleksi telur, pemeliharaan DOC (Day Old Chicken atau anak ayam), koleksi data fenotipik, isolasi darah, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan sequencing. Parameter yang diamati adalah warna bulu ayam hibrida selama tujuh minggu pertama, polimorfisme gen MC1R, dan SNPs pada fragmen gen MC1R. Analisis data dilakukan dengan software Microsoft Excel 2019, Gene Studio Pro, Clustal Omega, dan IBM SPSS 20. Hasil penelitian menunjukkan karakter fenotipik warna bulu ayam hibrida BC3 Golden Kamper pada punggung dan sayap terdiri dari coklat muda 18,75%, coklat tua 50%, dan kombinasi coklat-hitam-putih 31,25%; dan pada dada terdiri dari coklat muda 43,75% dan coklat tua 56,25%. Terdapat 11 titik polimorfisme dengan lima haplotipe pada penelitian ini. Berdasarkan uji Chi-square, dapat disimpulkan SNPs pada fragmen gen MC1R tidak berpengaruh terhadap variasi warna bulu ayam hibrida BC3 Golden Kamper.

Plumage colour in chicken was influenced by multiple genes including Melanocortin 1 Receptor (MC1R). MC1R polymorphism cause plumage colour variation in chicken. Golden Kamper chicken which selected breeding result of crossed Pelung chicken with Layer chicken has golden-brown plumage and higher body weight. Backcrossed mating was carried out to get the phenotypic character from their parents. This research aims to investigate the plumage colour of hybrid Chicken, polymorphism of MC1R, and studying the effect of SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) on the MC1R gene fragments. Mating between Pelung female chicken with F3 Golden Kamper male chicken, egg collection, raising DOC (Day Old Chicken), phenotype data collection was done in Pusat Inovasi Agroteknologi UGM (PIAT UGM) whereas DNA isolation, PCR, electrophoresis, and sequencing was done in Laboratory of Genetics and Breeding Faculty of Biology UGM. Data analyses were done using Microsoft Excel 2019, Gene Studio Pro, Clustal Omega, and IBM SPSS 20. The results show phenotypic character of 3rd generation Backcrossed Golden Kamper (BC3 Golden Kamper) hybrid chicken's back and wing's plumage are light brown 18,75%, dark brown 50%, and brown-black-white combination 31,25%; and chest's plumage are light brown 43,75% and dark brown 56,25%. There are 11 mutation points form five haplotypes. Based on Chi-square test, it can be concluded that SNPs in MC1R fragments has no effect on BC3 Golden Kamper hybrid chicken's plumage colour variation.

Kata Kunci : ayam hibrida BC3 Golden Kamper, warna bulu, MC1R, polimorfisme