Laporkan Masalah

PENAMBATAN MOLEKUL DAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER SENYAWA TURUNAN MYRICITRIN SEBAGAI ANTIVIRUS COVID-19

NI PUTU NOVIA PUTRI, Prof. Dr.rer.nat. Harno Dwi Pranowo, M.Si. ; Dr. Sc. Robby Noor Cahyono, M.Sc.

2021 | Skripsi | S1 KIMIA

Penelitian mengenai penambatan molekul dan simulasi dinamika molekuler senyawa turunan myricitrin sebagai antivirus COVID-19 telah dilakukan. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan optimasi geometri senyawa myricitrin dan turunannya, menambatkan molekul myricitrin dan turunannya dengan Mpro SARS-CoV-2 untuk mendapatkan senyawa antivirus COVID-19 yang lebih baik, dan menganalisis kestabilan interaksi kompleks turunan myricitrin hasil penambatan molekul terbaik dengan Mpro SARS-CoV-2 menggunakan metode simulasi dinamika molekuler. Optimasi geometri dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Gaussian dengan metode DFT B3LYP 6-31G(d,p). Penambatan molekul dilakukan pada senyawa myricitrin dan turunannya sebagai ligan dan Mpro SARS-CoV-2 (PDB ID: 6W63) sebagai reseptor. Penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Autodock Tools dengan metode Lamarckian Genetic Algorithm dengan ukuran grid box 40 angstrom. Simulasi dinamika molekuler dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak GROMACS. Medan gaya yang digunakan adalah GROMOS pada 300 K, 1 atm, selama 4 ns dengan timestep 2 fs. Berdasarkan hasil penambatan molekul, turunan myricitrin yang memiliki hasil terbaik adalah turunan myricitrin dengan modifikasi -C2H5. Senyawa tersebut memberikan hasil interaksi spesifik berupa pi-sulfur dengan Cys 145 dan pi-kation dengan His 41. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan kompleks ligan modifikasi -C2H5 dan Mpro SARS-CoV-2 stabil.

Molecular docking and molecular dynamic simulation of Mpro SARS-CoV-2 and myricitrin derivative was done. The purposes are to optimize the geometry structure of myricitrin and its derivatives, dock the myricitrin and its derivatives with Mpro SARS-CoV-2 to get potential COVID-19 antivirus, and analyze the complex interaction stability of myricitrin derivative from best docking molecule with Mpro SARS-CoV-2 using dynamic molecular simulation. Geometry optimization was performed using DFT B3LYP 6-31G(d,p) method in Gaussian software. Myricitrin and its derivatives, as ligand, were docked with Mpro SARS-CoV-2 (PDB ID: 6W63) as the receptor. Molecular docking was performed using the Lamarckian Genetic Algorithm method in Autodock Tools with 40 angstrom size of the grid box. Molecular dynamic simulation was performed with GROMOS at 300 K and 1 atm during 4 ns. The timestep that was used was 2 fs. According to the molecular docking result, myricitrin derivative with -C2H5 modification has the best result. The specific interactions are pi-sulfur with Cys 145 and pi-cation with His 41. Mpro SARS-CoV-2 and -C2H5 myricitrin derivative complex were stable according to the dynamic simulation result.

Kata Kunci : turunan myricitrin, penambatan molekul, simulasi dinamika molekuler.

  1. S1-2021-412691-abstract.pdf  
  2. S1-2021-412691-bibliography.pdf  
  3. S1-2021-412691-tableofcontent.pdf  
  4. S1-2021-412691-title.pdf