Variasi Genetik Ikan Gabus (Channa striata (Bloch, 1793)) dari Danau Sentani, Jayapura, Papua Berdasarkan Gen Mitokondria 16S

TITIK TRI HASTIWI, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2021 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Indonesia merupakan negara dengan keanekaragaman jenis ikan air tawar yang tinggi. Salah satu jenis ikan air tawar yang banyak dikonsumsi masyarakat Indonesia adalah ikan gabus. Ikan gabus ini memiliki banyak manfaat, salah satunya dalam bidang farmakologis sebagai obat luka dan rasa sakit. Salah satu daerah distribusi ikan gabus di Indonesia adalah Danau Sentani, Jayapura, Papua. Namun penelitian mengenai variasi genetik ikan gabus dari Danau Sentani menggunakan gen mitokondria 16S belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi genetik ikan gabus (Channa striata, Bloch 1793) dari Danau Sentani, Jayapura, Papua menggunakan gen mitokondria 16S. Penelitian ini menggunakan metode PCR dengan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Tahap yang dilakukan pada penelitian ini meliputi pengambilan sampel, isolasi DNA, amplifikasi DNA, purifikasi DNA dan sekuensing yang dilanjutkan dengan analisis data menggunakan software DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP dan NETWORK. Software tersebut digunakan untuk identifikasi spesies ikan gabus, komposisi nukleotida sekuen gen mitokondria 16S ikan gabus, dan variasi genetik intrapopulasi ikan gabus yang dikoleksi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari lima sampel ikan gabus yang diteliti memiliki 3 haplotipe dengan 2 variable sites dan 1 parsimony informative site. Adapun nilai Haplotype Diversity (Hd) sebesar 0,7000±0,218 dan Nucleotide Diversity sebesar 0,00169±0,00059 dengan rata-rata jarak genetik 0,17 %. Hasil tersebut mengindikasikan terdapat variasi gen mitokondria 16S intrapopulasi pada ikan gabus dari Danau Sentani, Jayapura, Papua.

Indonesia is one of the countries with high biodiversity of freshwater fishes. One type of freshwater fish that is widely consumed by Indonesian people is the striped snakehead. This fish has many benefits, one of which is in the pharmacological field as a medicine. One of the distribution areas of striped snakehead in Indonesia is Lake Sentani which is located in Jayapura, Papua. However, the research on genetic variation of striped snakehead from Lake Sentani using the 16S mitochondrial gene has never been investigated. Therefore, the aim of this study was to analyze the genetic variation of striped snakehead (Channa striata, Bloch 1793) from Lake Sentani, Jayapura, Papua using the 16S mitochondrial gene. This research used the PCR method with universal primers, 16Sar and 16Sbr. The stages carried out in this study including fish sampling, DNA isolation, DNA amplification, DNA purification and sequencing. Data analysis used software such as DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP and NETWORK. These software used to identify striped snakehead species, the nucleotide composition of the mitochondrial 16S rRNA gene sequences of striped snakehead, and genetic variation among the collected fish species. The results showed that of the five samples of striped snakehead studied had 3 haplotypes with 2 variable sites and 1 parsimony site. The Haplotype Diversity (Hd) value is 0.7000±0.218 and Nucleotide Diversity is 0.00169±0.00059 with an average genetic distance of 0.17 %. These results indicated intrapopulation genetic variations of striped snakehead from Lake Sentani, Jayapura, Papua.

Kata Kunci : striped snakehead, 16S gene, genetic variation, Lake Sentani