Karakterisasi Genetik Ikan Lontok (Ophiocara porocephala Valenciennes, 1837) dari Muara Tekolok, Lombok Timur, Nusa Tenggara Barat berdasarkan Gen Mitokondria 16S

YENITA RUMAHORBO, Dra. Tuty Arisuryanti M.Sc., Ph.D.

2021 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Indonesia merupakan salah satu negara dengan biodiversitas tumbuhan, hewan, dan mikrobia yang tinggi, termasuk biodiversitas ikan air tawar dan salah satu diantaranya adalah ikan lontok (Ophiocara porocephala). Ikan lontok banyak dijumpai di Muara Tekolok yang terletak di Lombok Timur, Nusa Tenggara Barat (NTB). Ikan lontok termasuk salah satu ikan yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi dan banyak dikonsumsi oleh masyarakat pesisir pantai. Namun demikian penelitian tentang informasi genetik ikan lontok dengan penanda molekular gen mitokondrial 16S di Indonesia belum pernah dilakukan. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis karakter dan variasi genetik pada ikan lontok (Ophiocara porocephala Valenciennes, 1837) dari Muara Tekolok, Lombok Timur, Nusa Tenggara Barat berdasarkan gen mitokondria 16S. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu metode PCR dengan menggunakan primer forward 16Sar dan primer reverse 16Sbr. Pada penelitian ini dilakukan beberapa tahapan yaitu pengambilan sampel, isolasi DNA, amplifikasi DNA, purifikasi DNA, sekuensing DNA hingga analisis data menggunakan software GeneStudio, DNASTAR, BLAST, Mesquite, MEGA, DnaSP dan NETWORK. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ketujuh sampel ikan lontok dari Muara Tekolok memiliki 3 haplotipe dengan 2 variable sites dan 1 parsimony informative site. Adapun haplotype diversity yaitu 0,52 �± 0,21 dan nucleotide diversity yaitu 0,00127 �± 0,00055 dengan jarak genetik 0-0,335% (0,127%). Hasil penelitian tersebut memberikan indikasi bahwa terdapat variasi genetik intrapopulasi pada ikan lontok yang diambil dari Muara Tekolok.

Indonesia is one of the countries with high biodiversity of plants, animals and microbes, including freshwater fish. One of freshwater fish in Indonesia which is poorly studied is spangled gudgeon (Ophiocara porocephala). The fish can be found at Muara Tekolok which is located in East Lombok, West Nusa Tenggara. However, no genetic information of the fish species has been gained from Tekolok Estuary. Therefore, the aims of this study were to identify and analyze genetic characters of spangled gudgeon fish from Muara Tekolok, East Lombok, West Nusa Tenggara based on the 16S mitochondrial gene. The method used in this study was a PCR method using primers 16Sar and 16Sbr. In this study several steps were carried out: fish sampling, DNA isolation, DNA amplification, DNA purification, DNA sequencing and data analysis using softwares (GeneStudio, DNASTAR, BLAST, Mesquite, MEGA, DnaSP, and NETWORK). The results revealed that the seven samples of spangled gudgeon have 3 haplotypes with 2 variable sites and 1 parsimony informative site. The haplotype diversity was 0.52 �± 0.21 and the nucleotide diversity was 0.00127 �± 0.00055 with a genetic distance was 0-0.335 % (0.127 %). These results indicate that there are genetic variation in the intrapopulation of spangled gudgeon collected from Muara Tekolok.

Kata Kunci : gen 16S, karakterisasi genetik, Muara Tekolok, Ophiocara porocephala / 16S gene, genetic characterization, Tekolok Estuary, Ophiocara porocephala