Transformasi Plasmid Superfolder Green Fluorescent Protein (sfGFP) sebagai Biomarker pada Isolat Bakteri Endofit PiA2 (Beijerinckia fluminensis)

MOHAMAD KHOIRUL ANAM, Dr. Yekti Asih Purwestri, M.Si.

2021 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Isolat bakteri PiA2 (Beijerinckia fluminensis) merupakan salah satu bakteri endofit tanaman sorgum (Sorghum bicolor L.) yang mempunyai kemampuan sebagai bakteri diazotrof dan pelarut fosfat. Green Fluorescent Protein (GFP) merupakan marker ekspresi gen yang sering digunakan dalam penelitian karena efektivitasnya yang tinggi. Oleh karena itu, GFP dapat digunakan sebagai biomarker untuk mengetahui keberadaan isolat bakteri PiA2 di dalam tanaman sorgum. Tujuan dari penelitian ini yaitu mempelajari tingkat keberhasilan sfGFP sebagai biomarker isolat bakteri endofit PiA2 pada berbagai metode transformasi. Penelitian ini dilakukan dengan mengisolasi plasmid pYL101C-sfGFP dari bakteri E. coli kemudian ditransformasikan menggunakan tiga metode yaitu heat shock, elektroporasi dan freeze-thaw. Hasil yang diperoleh dari isolasi plasmid pYL101CsfGFP yaitu nilai rerata kemurnian plasmid sebesar 2,064 dan konsentrasi sebesar 1114,53 ng/µL. Amplikon yang diperoleh dari PCR menggunakan primer GFP yaitu 630 bp dengan suhu annealing sebesar 60 oC. Hasil yang diperoleh yaitu tidak terdapat pertumbuhan koloni menggunakan metode transformasi heat shock dan elektroporasi, sedangkan metode transformasi freeze-thaw ditemukan pertumbuhan 1-3 koloni pada tiap petri dish. Metode transformasi freeze-thaw merupakan metode yang sering digunakan untuk bakteri Agrobacterium sehingga metode ini menjadi metode yang paling optimal untuk isolat bakteri endofit PiA2. Hal ini dikarenakan isolat bakteri endofit PiA2 memiliki kekerabatan dekat dengan Agrobacterium

PiA2 bacterial isolate (Beijerinckia fluminensis) is one of the endophytic bacteria of sorghum (Sorghum bicolor L.) which has a role as diazotroph and phosphate solubilizing bacteria. Green Fluorescent Protein (GFP) is a marker of gene expression that is often used in research because of its high effectiveness. Therefore, GFP can be used as a biomarker to determine the presence of PiA2 bacterial isolates in sorghum plants. The aim of this research is to study the effectivity of sfGFP as a biomarker for PiA2 bacterial isolates in various transformation methods This research was conducted by isolating plasmid pYL101C-sfGFP from E. coli and then transformed using heat shock, electroporation and freeze-thaw methods. The plasmid purity has a mean value of 2.064 with a mean concentration of 1114.53 ng/µL. The amplicon obtained from PCR using GFP primer is 630 bp with annealing temperature of 60 degree Celsius . The results obtained were that there was no colony growth using the heat shock transformation and electroporation methods, while the freeze-thaw transformation method was found 1-3 colonies in each petri dish. Freeze-thaw transformation method is a method often used for Agrobacterium, so this method is optimal for endophytic bacteria PiA2 isolates. This is because the PiA2 bacterial isolate is closely related to Agrobacterium.

Kata Kunci : Beijerinckia fluminensis, freeze-thaw, Green Fluorescent Protein