Laporkan Masalah

Karakter Morfologis dan Molekuler Udang Air Tawar (Macrobrachium spp.) dari Tiga Sungai di Daerah Istimewa Yogyakarta

MALYA ADZILLINA S, Drs. Trijoko, M.Si.

2020 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Macrobrachium merupakan genus dari familia Palaemonidae dengan keanekaragaman tertinggi. Identifikasi morfologi genus Macrobrachium tergolong sulit, karena karakter untuk identifikasi tingkat spesies jumlahnya terbatas, sedangkan banyak karakter umum untuk semua spesies Macrobrachium. Diperlukan pendekatan lain untuk identifikasi Macrobrachium secara akurat yaitu salah satunya dengan DNA barcoding menggunakan gen mitokondria 16S. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter morfologis dan molekuler Macrobrachium spp. berdasarkan gen mitokondria 16S dari Sungai Opak, Winongo, dan Sempor, di Daerah Istimewa Yogyakarta. Sampel udang diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi, morfometri, dan meristik. Analisis molekuler menggunakan 16Sar sebagai primer forward dan 16Sbr sebagai primer reverse. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan hasil identifikasi morfologis, tujuh sampel diidentifikasi sebagai Macrobrachium cf. pilimanus dan empat spesies sebagai Macrobrachium cf. empulipke. Berdasarkan analisis secara molekuler, sampel WNM1 memiliki similaritas sebesar 87,63% dengan Macrobrachium forcipatum (JQ362454.1), 87,02% dengan M. dienbienphuense (JQ390474.1), dan 83,84% dengan M. pilimanus (FM986633.1) yang berarti merupakan spesies berbeda dengan spesies yang ada di GenBank tersebut. Kesimpulan dari penelitian ini adalah sampel udang yang diteliti diprediksi sebagai Macrobrachium cf. pilimanus dan Macrobrachium cf. empulipke berdasarkan pengamatan morfologis, dan terbukti sebagai spesies yang berbeda dengan M. forcipatum, M. dienbienphuense, dan M. pilimanus yang terdapat di database GenBank berdasarkan analisis molekuler dengan gen 16S rRNA.

Macrobrachium is a genus of the Palaemonidae family with the highest diversity. Identification of the morphology of the genus Macrobrachium is mostly challenging due to the characters for species level identification are complicated, whereas many characters are common to all Macrobrachium species. Another approach is needed to accurately identify Macrobrachium, one of which is by barcoding DNA using the 16S mitochondrial gene. This study was aimed to determine the morphological and molecular characters of Macrobrachium spp. based on the 16S mitochondrial gene from the Opak, Winongo, and Sempor rivers, in Yogyakarta. Shrimp samples were identified based on morphological, morphometric, and meristic characters. Molecular analysis used 16Sar as forward primer and 16Sbr as reverse primer. The results showed that based on the morphological identification results, seven samples were identified as Macrobrachium cf. pilimanus and four species as Macrobrachium cf. empulipke. Based on molecular analysis, the WNM1 sample has a similarity of 87.63% with Macrobrachium forcipatum (JQ362454.1), 87.02% with M. dienbienphuense (JQ390474.1), and 83.84% with M. pilimanus (FM986633.1) which means that it is a different species from the species in the GenBank. The conclusion of this study is that the shrimp samples under study is predicted to be Macrobrachium cf. pilimanus and Macrobrachium cf. empulipke based on morphological observations, and proved to be a different species with M. forcipatum, M. dienbienphuense, and M. pilimanus which are available in the GenBank database based on molecular analysis with the 16S rRNA gene.

Kata Kunci : Macrobrachium spp., Daerah Istimewa Yogyakarta, karakter morfologis, 16S

  1. S1-2020-396946-abstract.pdf  
  2. S1-2020-396946-bibliography.pdf  
  3. S1-2020-396946-tableofcontent.pdf  
  4. S1-2020-396946-title.pdf