KARAKTERISASI IKAN GABUS (Channa striata (Bloch, 1793)) DARI SUNGAI BATANG HARI, JAMBI BERDASARKAN GEN MITOKONDRIA 16S

IBNU FAJAR, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2020 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Dari sekian banyak ragam ikan air tawar yang dapat ditemukan di Indonesia, ikan gabus (Channa striata, (Bloch, 1973)) merupakan salah satu jenis ikan yang gemar dikonsumsi untuk alasan cita rasa serta fungsi medis seperti membantu mempercepat penyembuhan luka pada kulit. Tingginya permintaan atas ikan ini justru mengarah pada eksploitasi berlebih dan dengan memburuknya kondisi habitat akibat pencemaran atau ahli fungsi lahan, populasinya di alam menjadi mengkhawatirkan sehingga diperlukan langkah untuk mendukung program konservasi dan pemuliaan ikan gabus di Indonesia. Penelitian ini mencoba mendukung tujuan tersebut dengan membantu menyediakan informasi karakter genetik ikan gabus di Indonesia berdasarkan gen Mitokondria 16S, mengingat informasi tersebut masih cukup terbatas. Pada penelitian ini digunakan empat sampel ikan gabus (GBB-01, GBB-02,dan GBB-03) yang diperoleh dari Sungai Batang Hari, Jambi. Selain itu digunakan delapan data sekuen gen 16S C. striata dari GenBank (accession number KX177965, KU986899, KT358477, KT358478, HM117222, HM117223, KC200558, KC200559) sebagai pembanding, serta digunakan juga dua spesies dari GenBank sebagai outgroup, yaitu Channa gachua, dan Channa punctata. Pada penelitian ini metode yang digunakan adalah metode PCR dengan primer 16Sar sebagai primer forward dan 16Sbr sebagai primer reverse. Analisis similaritas dengan program daring Nucleotide BLAST menunjukkan ketiga sampel memiliki similaritas antara 98 sampai 99 % dengan spesies C. Striata di GenBank database. Jarak genetik intrapopulasi yaitu antara 0 ampai dengan 0,2 %. Analisis variasi genetik intrapopulasi menunjukkan dari ketiga sampel yang diteliti terdapat dua haplotype dengan satu variable sites tanpa parsimony informative. Analisis terhadap haplotype diversity dan nucleotide diver-sity masing-masing menunjukkan nilai 0,667±0,314 dan 0,0011±0,00052. Analisis pohon filogeni dengan metode Maximum Likelihood (ML) dan Neighbor Joining (NJ) menunjukkan bahwa sampel C. striata dari Sungai Batang Hari berada pada clade yang sama.

Many varieties of freshwater fishes that can be found in Indonesia and striped snakehead fish (Channa striata (Bloch, 1973)) is one of the freshwater fish which is commonly consumed due to its delicacy and also its medical properties such as helping to boost skin wound-healing. The high demand for the fish is leading to overconsumtion and with deteriorating habitat conditions due to pollution or land conversion, the fish population in nature has decreased every year, so that supports for conservation and breeding program in Indonesia are really needed. Therefore, the aim of this study was to identify and analyze genetic characterization of striped snakehead in Indonesia based on the mitochondrial 16S gene. This study used three striped snakehead (GBB-01, GBB-02, and GBB-03) obtained from Batang Hari River, Jambi. In addition, eight Mitochondrial 16S gene sequences of C. striata from GenBank (accession number KX177965, KU986899, KT358477, KT358478, HM117222, HM117223, KC200558, KC200559) were used as comparisons, and two species (Channa gachua and Channa punctata) from GenBank were used as the outgroup. In this study we used a PCR method using two primers, 16Sar and 16Sbr. Analysis of similarity with the online Nucleotide BLAST program showed that the three samples have similarity of 98 to 99 % to the C. Striata species in the GenBank database. Intrapopulation genetic distance was of 0 to 0,2 %. Intrapopulation genetic analysis revealed two haplotypes with one variable site without informative parsimony. Then, haplotype diversity and nucleotide diversity were 0,667±0,314 and 0,0011±0,00052 respectively. Phylogenetic trees analysed with Maximum Likelihood (ML) and Neighbor Joining (NJ) method exhibited that samples of C. striata from Batang Hari River were in similar clade.

Kata Kunci : Channa striata, gen 16S, ikan gabus, karakterisasi genetik, Sungai Batang Hari, striped snakehead, genetic characterization