KARAKTERISASI GENETIK IKAN KOTES (Channa gachua Hamilton, 1822) DARI SUNGAI KEJI, MAGELANG, JAWA TENGAH BERDASARKAN GEN MITOKONDRIA 16S

WARISATUL ILMI, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D

2018 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Secara geografis, Indonesia merupakan negara kepulauan dengan sebagian besar dari luasnya adalah perairan. Dengan demikian, Indonesia memiliki keanekaragaman hayati perairan yang tinggi termasuk biodiversitas ikan air tawar, salah satunya ikan kotes (Channa gachua) yang banyak dikonsumsi oleh masyarakat. Di Indonesia, ikan kotes tersebar di berbagai daerah, termasuk Pulau Jawa. Akan tetapi, penelitian mengenai biologi khususnya karakterisasi genetik ikan kotes belum banyak dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakterisasi genetik ikan kotes (Channa gachua Hamilton, 1822) dari Sungai Keji, Magelang, Jawa Tengah berdasarkan gen mitokondria 16S. Pada penelitian ini digunakan dua sampel ikan kotes dari lokasi penelitian yaitu ikan kotes-1 (KTS-01) dan ikan kotes-2 (KTS-02). Selain itu, dua sekuen gen mitokondria 16S milik Channa gachua dengan accession number KU986900 dan KU238074 yang diambil dari database GenBank digunakan sebagai pembanding. Pada penelitian ini metode yang digunakan adalah metode PCR dan primer yang digunakan adalah 16Sar sebagai primer forward dan 16Sbr sebagai primer reverse. Hasil elektroforesis produk amplifikasi PCR menunjukkan bahwa panjang fragmen partial gen mitokondria 16S pada sampel KTS-01 adalah 573 bp dan sampel KTS-02 yaitu 578 bp. Analisis similaritas menggunakan program online BLASTN menunjukkan kedua sampel memiliki similaritas dengan spesies Channa gachua (KU986900) dari Malaysia dan (KU238074) dari Cina sebesar 98%. Analisis jarak genetik dengan model Kimura 2-Parameter menunjukkan jarak genetik antara KTS-01 dengan KTS-02 adalah 0,9%. Analisis filogeni dengan pendekatan Neighbor-Joining dan Maximum Likelihood menunjukkan kedua sampel ikan kotes KTS-01 dan KTS-02 berada pada clade yang sama, serta keduanya memiliki ancestor terdekat dengan Channa gachua dari Malaysia dengan accession number KU986900. Analisis variasi genetik menunjukkan kedua sampel ikan kotes memiliki haplotype yang berbeda dengan 5 variable sites. Nilai haplotype diversity (Hd) sebesar 1,000±0,500 dan keragaman nukleotida (phi) sebesar 0,00873±0,00436.

Geographically, Indonesia is an archipelagic country surrounding mostly with waters. Thus, Indonesia has a high marine and freshwater biodiversity including freshwater fish biodiversity, such as dwarf snakehead (Channa gachua) which is commonly consumed by Indonesian society. In Indonesia, dwarf snakehead is distributed over various regions, including Java Island. However, research on biology, especially the genetic characterization of dwarf snakehead has poorly understood. Therefore, the aim of this study was to determine genetic characterization of dwarf snakehead (Channa gachua Hamilton, 1822) from Keji River, Magelang, Central Java based on the 16S mitochondrial genes. This study analyzed 16S mt-DNA of two samples of dwarf snakehead from Keji River (KTS- 01 and KTS-02). In addition, two 16-mtDNA sequences of Channa gachua with accession number KU986900 and KU238074 taken from GenBank were used as a comparison. A method used in this research was a PCR method and primers used in this research were 16Sar and 16Sbr. Electrophoresis results showed that the partial fragment length of 16S mt-DNA from KTS-01 was 573 bp whereas KTS- 02 was 578 bp. Similarity analysis using online BLASTN program revealed that both samples had 98% similarity with Channa gachua with accession number KU986900 from Malaysia and KU238074 from China. Analysis using Kimura 2- parameter model exhibited that KTS-01 and KTS-02 had genetic distance 0.9%. Phylogenetic analysis with Neighbor-Joining and Maximum Likelihood showed KTS-01 and KTS-02 were on the same clade, and both had the nearest ancestor of Channa gachua (KU986900) from Malaysia. Analysis of genetic variation on the two samples of dwarf snakehead revealed two haplotypes with 5 variable sites. In addition, the haplotype diversity (Hd) was 1.000±0.500 and the nucleotide diversity (phi) was 0.00873±0.00436.

Kata Kunci : dwarf snakehead, Keji River, genetic characterization, 16S mt-DNA