Analisis Genetik Molekuler Kuda (Equus Caballus) Lokal Pulau Sumba Berdasarkan Sekuen D-loop Mitokondria

SETIAWATI, Widya , Yuriadi

2012 | Skripsi |

Kuda (Equus caballus) Sumba merupakan kuda pacu asli Indonesia. Saat ini populasi kuda di Sumba diperkirakan mencapai 50.000 ekor. Di Kabupaten Sumba Timur hasil sensus ternak yang dilakukan Dinas Peternakan Kabupaten Sumba Timur tahun 2008 terdata sebanyak 28.804 ekor kuda. Berbagai langkah dilakukan untuk mencegah kepunahannya. Upaya konservasi secara in-situ dan ex-situ pada satwa ini akan memperoleh hasil yang lebih sempurna apabila keragaman genetiknya diketahui dengan pasti, salah satunya melalui kajian keragaman genetik D-loop parsial mitokondria pada Kuda Sumba. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mengetahui dan menganalisa variasi genetik dan hubungan kekerabatan di antara kuda Sumba berdasarkan sequence controle Dloop mitokondria. Sampel DNA diisolasi dari darah kuda Sumba asal Sumba Timur, Nusa Tenggara Timur. Amplifikasi daerah D-loop parsial mitokondria dengan metode PCR menggunakan hasil isolasi DNA untuk cetakan, primer ECLOOP Forward dan primer ECLOOP Reverse, pada kondisi predenaturasi 94°C selama 5 menit, denaturasi 94°C selama 30 detik, annealling 56°C selama 30 detik, elongasi 72°C selama 45 detik dan post-elongasi 72°C selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 492 bp yang kemudian dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing D-loop yang diperoleh dibandingkan dengan spesies kuda lain yang diambil dari Genbank dan selanjutnya dianalisa menggunakan Mega versi 5. Hasil analisa diperoleh 66 situs nukleotida yang berbeda. Jarak genetik berdasar sekuen nukleotida D-loop yang dianalisis menggunakan Kimura 2- parameter ditemukan nilai paling kecil 0 % dan nilai paling besar 2,9 %. Konstruksi pohon filogenik menggunakan metode Neighbour Joining dengan nilai bootstrap 1000 kali menunjukkan hubungan kekerabatannya masih sangat dekat sehingga tidak dapat untuk membedakan tingkat intra spesies Kuda Sumba asal Sumba Timur, Pulau Sumba, Nusa Tenggara Timur. Kata Kunci: Equus caballus, DNA, D-loop

Sumba horses (Equus caballus) is a racer horse original from Indonesia. Current population of horses in Sumba is estimated at 50.000. Based on the census data by the local goverment, the population of horse in 2008 was 28.804 horses. The effort to prevent the extinction is by conservation. Conservation through in-situ and ex-situ ways toward this animal will result in the better outcome if the various kind of its gen is identified for sure. One of the way to identify the gene is through considering the variety of D-loop mitochondria partial gen of Sumba Horse. The main purpose of this research is to find out and to analyze gen varieties and the class relationship among Sumba Horses based on dloop mitochondria sequence control. The DNA sample is isolated from Sumba horses blood from East Sumba, Nusa Tenggara Timur. The amplification of d-loop region partial mitochondria using PCR method employs the result of isolated DNA, ECloop Foward and ECloop Reverse primers, in predenaturation 94°C for 5 minutes, denaturation 94°C for 30 seconds, annealing 56°C for 30 seconds, elongation 72°C for 45 seconds and post-elongation 72°C for 5 minutes for 35 cycles. PCR reaction produces a product 492 bp in length that then is to be done in sequences. The dloop sequence result is compared with other horse species taken from Genbank to be analyzed using Mega version 5. The analysis outcome produces 66 different nucleotide sites. Genetic distance of nucleotide D-loop sequences analyzed using Kimura 2-parameter shows 0% for the smallest number and 2,9% for the biggest number. Phylogeny reconstruction using Neighbour Joining method with 1000 times bootstrap in scale indicates a very close class relationship between them, and this makes it difficult to differentiate the degree of intra species of Sumba horse from East Sumba, Sumba Island, and Nusa Tenggara Timur. Key Words: Equus caballus, DNA, D-loop mitochondria, Polymerase Chain Reaction (PCR), nucleotide

Kata Kunci : Equus caballus, DNA, D-loop