Identifikasi Virus Avian Influenza Tipe A Pada Unggas AsalPasar Turi Sleman Yogyakarta Berbasis Simplex RT – PCR

GIRSANG, Eureka Sahmalini Juniarti, Aris Haryanto

2012 | Skripsi |

Avian Influenza (AI) merupakan penyakit patogen yang disebabkan oleh virus influenza tipe A yang tergolong dalam famili orthomyxoviridae dan memiliki 16 subtipe HA (H1 – H16) dan 9 subtipe NA (N1 – N9). Penelitian ini bertujuan untuk mendiagnosis secara cepat dan akurat sampel virus AI koleksi BBVet Wates 2010 yang dikoleksi dari swab kloaka unggas di Pasar Turi, Sleman, Yogyakarta dengan metode berbasis simplex RT – PCR. Amplifikasi RNA secara simplex RT – PCR pada gen Matriks (M) dan gen HA – H5 menggunakan pasangan primer M dan H5. Reaksi RT – PCR menggunakan Qiagen® one step RT – PCR kit. Mesin RT – PCR menggunakan Thermal cycler model, infinigen. Interpretasi hasil RT – PCR dilakukan dengan cara dielektroforesis kemudian divisualisasikan dengan transiluminasi UV. Produk RT – PCR yang teramplifikasi adalah fragmen DNA amplikon dari gen M sebesar 200 bp dan gen HA – H5 sebesar 545 bp. Hasil penelitian dengan teknik simplex RT – PCR pada gen Matriks (M) terdapat 12 sampel yang positif pada 200 bp dan pada gen HA – H5 tidak ada sampel yang teramplifikasi pada 545 bp. Ini menunjukkan bahwa sampel yang diuji merupakan virus Avian Influenza tipe A. Kata kunci : avian influenza, simplex RT – PCR, subtipe H5

Avian Influenza (AI) is a pathogenic disease caused by avian influenza type A. It belongs to orthomyxoviridae family and have 16 HA subtypes (H1 – H16) and 9 NA subtypes (N1 – N9). The purpose of this research was to diagnose with fast and acurate of the samples of avian influenza virus that has collected by BBVet Wates 2010 by cloacal swab from the birds that taken from Turi market, Sleman, Yogyakarta by simplex RT – PCR. Amplification of RNA by simplex RT – PCR in M (Matriks) gene and H5 were using primer M and primer H5. The RT – PCR reaction was using Qiagen® one step RT – PCR kit. The RT – PCR machine was using Thermal Cycle Model, Infinigen. The interpretation of the results of RT – PCR were electrophoresis then visualisation in uv transilumination. The RT – PCR product that amplificated were the DNA fragmen amplicone from M gene in 200 bp and H5 gene in 545 bp. The results of this research by simplex RT – PCR technique in HA - H5 gene showed that none of the samples amplificated in 545 bp. It showed that samples that tested were not AI virus subtype H5. Keywords : avian influenza, simplex RT – PCR, subtype H5

Kata Kunci : avian influenza, simplex RT – PCR, subtipe H5