Analisis Genetik Molekuler Kuda (Equus caballus) Lokal Pulau Sumba Berdasarkan Sekuen Gen Cytochrome B

WULANDARI, Nadia Prima , Yuriadi

2012 | Skripsi |

Kuda (Equus caballus) Sumba atau sering disebut dengan Sandle Wood merupakan kuda lokal asli Indonesia. Saat ini populasi kuda di pulau Sumba di perkirakan mencapai sekitar 50.000 ekor. Populasi kuda Sumba terus menurun dan terancam punah karena diperdagangkan secara bebas ke luar daerah, seperti Bima, Makassar, Denpasar, Surabaya, Yogyakarta, dan Jakarta. Sehubungan dengan hal tersebut perlu dilakukan tindakan konservasi secara in-situ dan ex-situ. Informasi mengenai karakter morfologi saja tidak cukup, sehingga perlu dilakukan kajian genetik untuk mengoptimalkan usaha konservasi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji kekerabatan genetik (filogenik) antara Kuda Sumba dan kuda (Equus caballus) berdasarkan gen penyandi protein Cytochrome b. Sampel DNA diisolasi dari darah kuda Sumba asal Sumba Timur, Nusa Tenggara Timur. Amplifikasi segmen gen cyt b dengan metode PCR menggunakan hasil isolasi DNA untuk cetakan, primer CYTBECF dan CYTBECR. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 371 bp yang kemudian dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing gen cyt b yang diperoleh selanjutnya dibandingkan dengan Equus caballus lain yang diambil dari Genbank dan diolah menggunakan program MEGA versi 5.05. Hasil analisa diperoleh 38 situs nukleotida yang berbeda dan 2 situs asam amino yang berbeda. Jarak genetik berdasarkan sekuen nukleotida gen cyt b yang dihitung menggunakan Kimura 2-parameter dihasilkan nilai sebesar 3,9% untuk nilai jarak genetik berdasarkan sekuen asam amino, yaitu 0,4%. Filogram menggunakan metode Neighbor Joining dengan nilai bootstrap 1000 kali dapat digunakan untuk membandingkan kekerabatan kuda Sumba dengan Equus sp. Kata kunci : Equus caballus, DNA, gen cyt b, PCR, sekuen DNA

Sumba horse (Equus caballus) or Sandle Wood is local horse on Sumba Island in Indonesia. Recently, estimation of the sumba horse population were about 50,000 horses on Sumba Island. The population always decrease and are threatened with extinction doe to the freely traded out of the region such as to Bima, Makasar, Denpasar, Surabaya, Yogyakarta, and Jakarta. Base on the reason, in-situ and ex-situ conservation of the Sumba Horse should be done as soon as possible to conserve the population. Research of Sumba Horse genetic was needed to optimize the conservation. The purpose of the research was to study genetic relationship between Sumba Horse and other local horse using genetic marker of cytochrome b. DNA sample was extracted from blood of Sumba horse originally collected from East Sumba and East Nusa Tenggara. Partial cyt b gene was used as a PCR amplification target by employing the CYTBECF and CYTBECR primer pair. Three hundred and seventy one base pair of amplification product was then used for sequencing. By using MEGA v5.05 software, the sequencing result was then compared with the same gene fragment of Equus caballus obtained from GenBank. The analysis result showed that there were differences in 38 nucleotide sites and 2 amino acids. Furthermore, the genetic distance values based on nucleotide and amino acid sequences were 3.9% and 0.4%, respectively. The Neighbor Joining method with 1000 times bootstrap was proven useful to analyze the genetic relationship between Sumba horse and Equus sp. Keywords : Equus caballus, DNA, cyt b, PCR, DNA sequence

Kata Kunci : Equus caballus, DNA, gen cyt b, PCR, sekuen DNA