RAGAM GENETIK BOVINE VIRAL DIARRHEA VIRUS GENOTIPE 1 (SINGER DAN CP) DAN GENOTIPE 2 (890, NGAWI DAN NGAMBAL) PADA Npro REGION

MOHAMMAD FAIZ KARIMY, Prof. drh. R. Wasito, M.Sc., Ph.D.; Prof. drh. Hastari Wuryastuti, M.Sc., Ph.D

2016 | Tesis | S2 Bioteknologi

Bovine viral diarrhea (BVD) merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh bovine viral diarrhea virus (BVDV) yang menginfeksi ternak ruminansia, telah tersebar di seluruh dunia dan menyebabkan kerugian ekonomis yang signifikan. BVD merupakan salah satu penyakit hewan strategis di Indonesia yang mempengaruhi produktivitas ternak. Pembedaan BVDV tipe 1 dan 2 berbasis sekuensing genotipe telah banyak digunakan saat ini. Analisa filogenetik juga sangat penting untuk mengetahui sejarah evolusi virus. Npro, 5’UTR dan E2 adalah gen yang umum digunakan dan representatif untuk analisis filogenetik Pestivirus. RT PCR dengan target region 428 bp yang mengode autoprotese Npro telah banyak digunakan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakterisasi genetik isolat BVDV tipe 1 dan 2 pada Npro region dengan analisis filogenetik molekuler. Sintesis cDNA dan amplifikasi dilakukan dengan one step RT-PCR menggunakan pasangan primer forward BVD 1 dan primer reverse BVD 3 untuk mengamplifikasi gen Npro dari isolat Singer, CP, 890, Ngawi, dan Ngambal. Konstruksi pohon filogenetik dengan program MEGA6 menggunakan metode statistik Maximum Likelihood, uji filogeni Bootstrap method 1000x replikasi dataset, dan Tamura-Nei model. Target produk RT-PCR yang diperkirakan memiliki panjang sekitar 428 bp tervisualisasi pada gel agarose 1,5% untuk isolat Singer, CP, 890, Ngawi, dan Ngambal. Hasil penelitian menunjukkan terdapat tiga isolat yang memiliki homologi 99% yaitu isolat Singer dan CP dengan accession number DQ088995.2, AF 14564.1, dan AM181238.1. Kesimpulan dari penelitian ini adalah ragam genetik isolat BVDV Singer dan CP pada Npro region telah diketahui hubungan kedekatannya dan homologinya (99%) dengan tiga isolat BVDV di dunia dalam GenBank, yaitu isolat dengan accession number DQ088995.2, AF 14564.1, dan AM181238.1.

Bovine viral diarrhea (BVD) is a contagious disease caused by bovine viral diarrhea virus (BVDV) that infects ruminants and spread widely throughout the world and causes significant economic losses. BVD is one of strategic animal disease that affects livestock productivity in Indonesia. BVDV type 1 and 2 classification based on sequencing genotyping has been used widely. Phylogenetic analysis is also very important to obtain the history of the virus evolution. The Npro, 5'UTR and E2 genes commonly used and representative for phylogenetic analysis of the Pestivirus. RT PCR with a target 428 bp encoding region autoprotese Npro has been used widely. The objective of this study was to determine genetic characteristics of BVDV from eminent local isolate in Npro region prime using molecular phylogenetic analysis. cDNA synthesis and amplification of Npro gene from Singer, CP, 890, Ngawi, and Ngambal isolates were analysed by one step RT-PCR using primer pair of BVD 1 as forward primer and BVD 3 as reverse primer. Phylogenetic tree construction was determine by MEGA6 program using Maximum Likelihood statistical methods, phylogeny test Bootstrap method 1000x replication dataset, and Tamura-Nei models. Products target with RT-PCR was estimated to be 428 bp of length that visualized on 1,5% agarose gel for Singer, CP, 890, Ngawi, and Ngambal isolates. Result of this study showed that three isolates from GenBank had 99% homology with Singer and CP isolates with accession number DQ088995.2, AF14564.1, and AM181238.1 respectively. It could be concluded that genetic diversity of BVDV isolates Singer and CP on an Nrpo region had 99% homology with three BVDV isolate from GenBank, with accession number DQ088995.2, AF14564.1, and AM181238.1 respectively.

Kata Kunci : BVDV, gen Npro, onestep RT-PCR, filogenetik, sapi