KAJIAN SEROLOGI DAN MOLEKULER CRINIVIRUS PADA TANAMAN TOMAT

RESTI FAJARFIKA, Dr.Ir. Sedyo Hartono, M.P.

2014 | Tesis | S2 Fitopatologi

Tomato chlorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV) merupakan virus yang ditularkan oleh vektor whitefly, termasuk ke dalam Famili Closteroviridae, Genus Crinivirus penyebab penyakit kuning yang menimbulkan masalah produksi yang serius pada tanaman tomat, yaitu menurunkan ukuran dan jumlah buah. Penelitian ini bertujuan untuk deteksi serologi dan molekuler keberadaan ToCV dan TICV pada tanaman tomat dan mengetahui metode deteksi yang spesifik, akurat, cepat, dan mudah. Sampel tanaman tomat sakit berasal dari Kopeng dan Magelang (Jawa Tengah), Indonesia. Lima metode yang terdiri atas serologi (DTBIA, IEM, dan IC-PCR) dan molekuler (SDT-RT-PCR dan RT-PCR dari kit komersial) dengan menggunakan antibodi poliklonal spesifik dan primer spesifik ToCV dan TICV. Hasil penelitian dengan metode IEM ditemukan dua tipe partikel virus yang berbentuk panjang lentur. Panjang partikel ToCV berukuran 810,69 nm dan TICV berukuran 872,34 nm. Reaksi positif pada metode DTBIA ditunjukkan dengan adanya perubahan warna menjadi ungu atau magenta didaerah floem dari tanaman bagian atas, bawah, tunas samping, dan tanaman yang bergejala kuning keriting, serta tanaman sehat tetap berwarna hijau, tidak ada perubahan warna. Metode ICPCR, SDT-RT-PCR, dan RT-PCR berhasil mengamplifikasi DNA TICV yang berasal dari isolat Magelang, berukuran 416 bp. Analisis Blast dari sekuen nukleotida dan asam amino memastikan bahwa spesies Crinivirus tersebut adalah TICV. Spesies ToCV terdeteksi menggunakan metode IEM dan DTBIA, sedangkan spesies TICV terdeteksi melalui metode IEM, DTBIA, IC-PCR, SDTRT- PCR, dan RT-PCR. Kelima metode tersebut merupakan alat deteksi yang spesifik, metode IC-PCR lebih akurat, DTBIA lebih praktis dan murah, IEM merupakan alat deteksi yang cepat namun biaya mahal. Metode SDT lebih sederhana, cepat, dan biaya murah dibandingkan RT-PCR untuk mendapatkan RNA total. Berdasarkan sekuen nukleotida dan asam amino gen CPd, isolat Magelang yang menginfeksi tanaman tomat terdeteksi sebagai TICV yang termasuk Genus Crinivirus, Family Closteroviridae. Kata kunci: Penyakit kuning, Tomat, TICV, ToCV, Deteksi serologi, Deteksi molekuler

Tomato chlorosis virus (ToCV) and Tomato infectious chlorosis virus (TICV) are whitefly vectors-transmitted virus, members of the family Closteroviridae, genus Crinivirus that causes yellowing which has been causing serious production problems in tomato crops, production is affected through decreased fruit size and numbers yield. This research aimed to detect the ToCV and TICV in tomato plant by serological and molecular detection and knowing the detection methods that specific, accurate, fast, and simple. The sample of disease plant was collected from Kopeng and Magelang (Central Java), Indonesia. Five methods are serological (DTBIA, IEM, and IC-PCR) and molecular methods (SDT-RT-PCR, and RT-PCR from commercial kit) were using specific polyclonal antibodies and primers of TICV and ToCV. The result of IEM methods was found two types of particles viruses which flexuous filamentus. Particle lengths of ToCV and TICV were 810.69 nm and 872.34 nm, respectively. The positive reaction of DTBIA method indicated purple or magenta discoloration in the phloem limited of top, bottom, side shoots, and yellow curly symptoms on plants and healthy plants remained green, no color change. IC-PCR, SDT-RT-PCR, and RT-PCR methods were successfully amplified TICV DNA from Magelang isolate, 416 bp size. Blast analysis of nucleotide and amino acid sequences to make sure that Crinivirus species is TICV. The ToCV species was detected with IEM and DTBIA methods, where as the TICV species by the IEM, DTBIA, IC-PCR, SDT-RT-PCR, and RT-PCR. The fifth method is specific detection tool, the IC-PCR have higher accuracy, the DTBIA more practical and cheper, the IEM have faster but expensive. The SDTRT- PCR methods are simpler, faster, and cheper than RT-PCR to gain the total RNA. Based from the nucleotide sequencing and amino acid gene CPd, the Magelang isolate that infected in tomatoes was detected as TICV that include in the GenusCrinivirus, Family Closteroviridae. Key words: Yellowing diseases, Tomatoes, TICV, ToCV, Serological detection, Molecular detection

Kata Kunci : Penyakit kuning, Tomat, TICV, ToCV, Deteksi serologi, Deteksi molekuler