Kuskus merupakan salah satu mamalia berkantung endemik Papua yang terancam punah akibat kegiatan perburuan di alam serta perdagangan yang tidak terkontrol. Salah satu upaya untuk menjaga kelestarian kuskus yaitu dengan melakukan konservasi. Identifikasi spesies kuskus sebagai upaya konservasi relatif sulit dilakukan jika hanya melihat pada morfologi, sehingga diperlukan upaya lain yaitu identifikasi pada tingkat genetik molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kuskus yang berasal dari beberapa daerah di Papua pada tingkat molekular berdasar sekuen gen NADH Dehidrogenase 2 (ND2) serta mengetahui kekerabatannya dengan kuskus lain dalam famili Phalangeridae. Sebanyak delapan sampel kuskus diperoleh dari lima daerah di Papua, yaitu dua sampel berasal dari Wanggar Nabire (4. dan 2.), satu sampel berasal dari Yaro Nabire (3.), tiga sampel berasal dari Nabire (2A, Papua Lama A, dan Papua IA), satu sampel berasal Topo Nabire (I.); dan satu sampel berasal dari Pulau Sentani (Totol Sentani Papua). Sampel diisolasi DNA dan diamplifikasi dengan teknik PCR. Produk PCR sebesar 1244 bp kemudian disekuensing. Hasil sekuensing gen ND2 (1044 bp) kemudian dianalisis keragaman genetik antar spesies dengan spesies kuskus lain dari Genbank menggunakan program MEGA versi 6.06. Hasil analisis berdasarkan sekuen gen ND2, kuskus asal Papua terdiri dari kelompok Spilocuscus dan Phalanger. Sampel kuskus Nabire, Topo Nabire, dan Pulau Sentani teridentifikasi sebagai S. maculatus dengan jarak genetik 0,5-1,3% terhadap S. maculatus (Genbank). Sampel kuskus Yaro dan Wanggar Nabire teridentifikasi sebagai Phalanger sp dengan jarak genetik 7,9% terhadap P. vestitus (Genbank). Sebanyak 160 nukleotida dan 41 asam amino yang berbeda dapat dijadikan sebagai penanda genetik pada sampel kuskus Nabire dan Topo Nabire dengan sampel Yaro dan Wanggar Nabire serta 13 nukleotida dan 3 asam amino yang berbeda pada kuskus Pulau Sentani dengan kuskus Nabire dan Topo Nabire.

Cuscus is one of marsupial mammals endemic in Papua which treatened extinct because the hunting in nature and uncontrol trade. One of effort to preserve cuscus is conservation. Identify species cuscus as effort conservation is relative difficult to do if just see on morfology, so need to another effort that is identification on molecular genetic level. The main objective of this research is to identify cuscus from some regions in Papua at molecular level based on sequence NADH Dehidrogenease 2 gene (ND2) and also to know genetic relationship with another cuscus in Phalangeridae family. As many as eight samples of cuscus get from five regions in Papua, that is two samples from Wanggar Nabire (4. and 2.), one sample from Yaro Nabire (3.), three samples from Nabire (2A, Papua Lama A, and Papua IA), one sample from Topo Nabire (I), and one sample from Sentani Island (Totol Sentani Papua). Samples were DNA isolated and amplified with PCR technique. The product of PCR is 1244 bp then sequencing. The result of sequencing ND2 gene (1044 bp) then analysis variety genetic among other species with another species cuscus from Genebank using MEGA programme version 6.06. The result of analysis based on ND2 gene sequenences, cuscus from Papua consist of a group Spilocuscus and Phalanger. Cuscus samples Nabire, Topo Nabire, and Pulau Sentani were identified as S. maculatus with genetic distance 0,5-1,3% to S. maculatus (Genbank). Cuscus samples Yaro and Wanggar Nabire were identified as Phalanger sp with genetic distance 7,9% to P. vestitus (Genbank). As many as 160 nucleotides and 41 amino acids that different can be used as genetic markers of cuscus samples Nabire and Topo Nabire with cuscus Yaro and Wanggar Nabire and as many as 13 nucleotides and 3 amino acid that different can be used as genetic markers of sample Pulau Sentani with cuscus Nabire and Topo Nabire.

Kata Kunci : kuskus, gen ND2, Papua, sekuensing